Kehadiran Politeknik Pembangunan Pertanian (POLBANGTAN) Manokwari tak lepas dari keberadaan Lembaga Penelitian dan Pendidikan Pertanian Manokwari (LP3M) atau Agrarisch Proefistation Manokwari oleh pemerintahan Belanda (1961). Pada awal 1963 (masa peralihan kekuasaan dari Pemerintah Kerajaan Belanda kepada Pemerintah Indonesia) terjadi kekurangan tenaga terutama di bidang pertanian. Hal tersebutlah yang mendasari didirikannya Sekolah Pertanian Menengah Atas (SPMA) Manokwari di bawah LP3M Manokwari diresmikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor 21/MP/65 tanggal 30 Januari 1965, yang berlaku surat tanggal 30 Januari 1965 yang terdiri dari tiga jurusan, yaitu Pertanian, Peternakan dan Kehutanan. Pada saat itu kepala sekolah dijabat oleh Trito. Selanjutnya pada tahun 1987 terjadi perubahan nama dari SPMA menjadi SPP atau Sekolah Pembangunan Pertanian Manokwari yang berkampus di Reremi.
Dalam perkembangannya, untuk menjawab kebutuhan akan tenaga penyuluh dan peningkatan SDM Pertanian khususnya di kawasan Indonesia Timur, maka berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 58 Tahun 2002 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Penyuluhan Pertanian Medan, Magelang, Gowa, dan Manokwari, Departemen Pertanian meningkatkan status SPP Manokwari menjadi Sekolah Tinggi Penyuluhan Pertanian (STPP) Manokwari. STPP Manokwari didirikan pada tanggal 13 Agustus 2002 dan diresmikan oleh Kepala Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Pertanian mewakili Menteri Pertanian pada tanggal 24 Februari 2003. Pelaksana tugas Ketua STPP Manokwari pada saat itu dijabat oleh Ir. Dominggus Buiney.
Politeknik Pembangunan Pertanian (POLBANGTAN) pada tanggal 18 September 2018 diresmikan secara nasional oleh Menteri Pertanian Republik Indonesia Dr. Ir. Andi Amran Sulaiman. MP di POLBANGTAN Bogor. Penyelenggaraan POLBANGTAN berdasarkan Permentan Nomor. 25/Permentan/OT.020/5/2018 tanggal 28 Mei 2018, tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Pembangunan Pertanian dan Permentan Nomor : 36/Permentan/SM.220/8/2018 tanggal 7 Agustus 2018 tentang Statuta Politeknik Pembangunan Pertanian.
Sejak diresmikan menjadi STPP Manokwari dan POLBANGTAN Manokwari telah terjadi pergantian pimpinan sebanyak 7 kali :
(1) Ir. Dominggus Buiney (Ketua Periode 2002-2006),
(2) Ir. Josephine Hutauruk, M.Sc (Ketua Periode 2006-2008),
(3) Dr. Ir. Zainal Arifin, MP. (Ketua Periode 2008-2010),
(4) Dr. Drs. Susanto, MS. (Ketua Periode 2010-2016),
(5) Dr. Ir. Syaifuddin, MP (Ketua Periode 2016-2017),
(6) Dr. drh. Maya Purwanti, MS (Ketua Periode 2017-2018)
(7) drh. Purwanta, M.Kes (Direktur Periode 9 November 2018 – Sekarang)